- p -

• pad() : IMP::em::DensityMap
• pad_margin() : IMP::em::DensityMap
• PairConstraint() : IMP::core::PairConstraint
• PairContainerAdaptor() : IMP::PairContainerAdaptor
• PairContainerSet() : IMP::container::PairContainerSet
• PairRestraint() : IMP::core::PairRestraint
• PairsConstraint() : IMP::container::PairsConstraint
• PairsOptimizerState() : IMP::container::PairsOptimizerState
• PairsRestraint() : IMP::container::PairsRestraint
• ParabolicFit2D() : IMP::algebra::ParabolicFit2D
• parse_args() : IMP.ArgumentParser
• parse_file() : IMP.pmi.mmcif.GMMParser
• Particle() : IMP::Particle
• particle_distance() : IMP.test.TestCase
• ParticleFactory() : IMP::npctransport::ParticleFactory
• ParticlesDummyRestraint() : IMP::em2d::ParticlesDummyRestraint
• ParticleTransportStatisticsOptimizerState() : IMP::npctransport::ParticleTransportStatisticsOptimizerState
• PathLocalPlanner() : IMP::kinematics::PathLocalPlanner
• PbcBoxedMover() : IMP::spb::PbcBoxedMover
• PbcBoxedRigidBodyMover() : IMP::spb::PbcBoxedRigidBodyMover
• PCAAligner() : IMP::em::PCAAligner
• PCAFitRestraint() : IMP::em2d::PCAFitRestraint , IMP::em::PCAFitRestraint
• PenalizedComplexityPrior() : IMP::isd::PenalizedComplexityPrior
• pick_max() : IMP::em::DensityMap
• plan() : IMP::kinematics::PathLocalPlanner
• plot() : IMP.isd.Analysis.Analysis
• plot_table() : IMP.pmi1.io.xltable.XLTable
• plot_violations() : IMP.pmi.restraints.crosslinking.AtomicCrossLinkMSRestraint , IMP.pmi1.restraints.crosslinking.AtomicCrossLinkMSRestraint
• pmi_range() : IMP.pmi.mmcif.AsymUnit , IMP.pmi.mmcif.Entity , IMP.pmi1.mmcif.AsymUnit , IMP.pmi1.mmcif.Entity
• pmi_residue() : IMP.pmi.mmcif.AsymUnit , IMP.pmi.mmcif.Entity , IMP.pmi1.mmcif.AsymUnit , IMP.pmi1.mmcif.Entity
• PolarResamplingParameters() : IMP::em2d::PolarResamplingParameters
• PoreRadiusSingletonScore() : IMP::npctransport::PoreRadiusSingletonScore
• precision() : IMP.pmi.macros.AnalysisReplicaExchange , IMP.pmi1.macros.AnalysisReplicaExchange
• print_centers() : IMP::kmeans::KMeans
• print_hard() : IMP::em::ImageHeader
• PrismaticJoint() : IMP::kinematics::PrismaticJoint
• probabilistic_check() : IMP.test.TestCase
• ProbabilisticSubsetFilterTable() : IMP::domino::ProbabilisticSubsetFilterTable
• Profile() : IMP::saxs::Profile
• profile_2_distribution() : IMP::saxs::Profile
• ProfileFitter() : IMP::saxs::ProfileFitter< ScoringFunctionT >
• Profiler() : IMP::benchmark::Profiler
• project() : IMP::em::SampledDensityMap
• ProjectingOptions() : IMP::em2d::ProjectingOptions
• ProjectingParameters() : IMP::em2d::ProjectingParameters
• ProjectionStates() : IMP::em2d::ProjectionStates
• propagate_coordinates() : IMP::atom::MolecularDynamics , IMP::isd::MolecularDynamics , IMP::spb::MolecularDynamicsWithWte
• propagate_velocities() : IMP::atom::MolecularDynamics , IMP::isd::MolecularDynamics , IMP::spb::MolecularDynamicsWithWte
• propose() : IMP::core::MonteCarloMover
• ProteinKinematics() : IMP::kinematics::ProteinKinematics
• prune_redundant_structures() : IMP.pmi.macros.AnalysisReplicaExchange , IMP.pmi1.macros.AnalysisReplicaExchange
• pull_back_body_member_adjoints() : IMP::core::RigidBody
• pull_back_member_adjoints() : IMP::core::RigidBody
• pull_back_members_adjoints() : IMP::core::RigidBody
• put() : IMP.isd.utils.Pipe