- a -

• add_atom_type() : IMP::atom
• add_bonds() : IMP::atom
• add_bool_flag() : IMP
• add_dope_score_data() : IMP::atom
• add_float_flag() : IMP
• add_geometries() : IMP::rmf
• add_geometry() : IMP::rmf
• add_hierarchies() : IMP::rmf
• add_hierarchies_with_sites() : IMP::npctransport
• add_hierarchy() : IMP::rmf
• add_hierarchy_with_sites() : IMP::npctransport
• add_imp_provenance() : IMP::core
• add_int_flag() : IMP
• add_noise() : IMP::em2d
• add_particle() : IMP::rmf
• add_particles() : IMP::rmf
• add_protein_ligand_score_data() : IMP::atom
• add_provenance() : IMP::core , IMP::pmi::io , IMP::pmi1::io
• add_radii() : IMP::atom
• add_restraint() : IMP::rmf
• add_restraint_to_model() : IMP::pmi::tools , IMP::pmi1::tools
• add_restraints() : IMP::rmf
• add_restraints_as_bonds() : IMP::rmf
• add_rigid_body_cache_key() : IMP::core
• add_script_provenance() : IMP::core
• add_soft_sphere_radii() : IMP::modeller
• add_software_provenance() : IMP::core
• add_static_geometries() : IMP::rmf
• add_string_flag() : IMP
• add_surface_index() : IMP::multifit
• add_test_sites() : IMP::npctransport
• add_to_log() : IMP
• add_to_progress_display() : IMP
• align_centroids_using_pca() : IMP::EMageFit::imp_general::alignments
• allow_deprecated() : IMP
• anchor_assembly() : IMP::EMageFit::domino_model
• apply_circular_mask() : IMP::em2d
• apply_diffusion_filter() : IMP::em2d
• apply_mask() : IMP::em2d
• apply_mean_outside_mask() : IMP::em2d
• apply_random_transform() : IMP::EMageFit::imp_general::movement
• apply_rotation_around_centroid() : IMP::EMageFit::imp_general::representation
• apply_threshold() : IMP::em2d
• apply_transformation_around_centroid() : IMP::EMageFit::imp_general::representation
• apply_transformation_to_hierarchy() : IMP::EMageFit::imp_general::movement
• apply_variance_filter() : IMP::em2d
• approximate_molecular_mass() : IMP::em
• argmax() : IMP::EMageFit::argminmax
• argmin() : IMP::EMageFit::argminmax
• assign_blame() : IMP::core
• assign_ranges() : IMP::npctransport