IMP logo
IMP Reference Guide  2.20.2
The Integrative Modeling Platform
osPeptideDocker.py
1 import sys
2 import peptideDocker
3 
4 parameterFileName = sys.argv[1]
5 
6 p = peptideDocker.PeptideDocker(parameterFileName)
7 
8 p.createModel()
9 
10 p.loadHelpers()
11 
12 p.initDof()
13 
14 p.addForceFieldRestraints()
15 
16 p.addClosePairNonBondedRestraints()
17 
18 p.addCompleteNonBondedRestraints()
19 
20 p.setInitialPositions()
21 
22 p.logTime("Setup")
23 
24 p.runMolecularDynamics()
25 
26 p.logTime("Run MD")
27 
28 p.runAllCg()
29 
30 p.logTime("Run CG")
31 
32 p.readTrajectories()
33 
34 p.writeOutput()
35 
36 p.writeOsOutput()
37 
38 p.outputTimes()