| activate_statistics() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| add_interaction(const ::npctransport_proto::Assignment_InteractionAssignment &idata) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| clear_caches() | IMP::Object | virtual |
| do_destroy() | IMP::Object | protectedvirtual |
| dump_geometry() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_angular_d_factor() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_are_floaters_on_one_slab_side() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_backbone_tau_ns() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bd(bool recreate=false) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_beads() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_beads_byref() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bounding_box() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bounding_box_size() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bounding_sphere() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bounding_sphere_radius() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_bounding_volume() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_check_level() const (defined in IMP::Object) | IMP::Object | |
| get_cylinder() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_fg_bead_types() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_fg_chain_roots() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_fg_chain_types() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_fg_chains() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_floater_types() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_has_bounding_box() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_has_bounding_sphere() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_has_bounding_volume() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_has_slab() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_initial_simulation_time_ns() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_backbone_harmonic() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_exclude_floaters_from_slab_initially() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_fg_bead(ParticleIndex pi) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_fg_bead(core::ParticleType pt) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_fg_chain(ParticleIndex pi) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_fg_chain(core::ParticleType pt) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_pore_radius_dynamic() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_slab_with_cylindrical_pore() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_slab_with_toroidal_pore() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_is_xyz_hist_stats() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_log_level() const (defined in IMP::Object) | IMP::Object | |
| get_maximum_number_of_minutes() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_model() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_model() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_name() const (defined in IMP::Object) | IMP::Object | |
| get_non_optimizable_beads() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_number_of_frames() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_number_of_trials() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_obstacle_particles() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_obstacle_types() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_optimizable_beads() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_output_npctransport_version() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_output_statistics_interval_frames() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_pore_anchored_beads_k() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_pore_radius() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_pore_radius_k() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_range() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_rmf_dump_interval_frames() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_rmf_file_name() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_rmf_sos_writer() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_root() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_root_of_type(core::ParticleType type) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_scoring() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_scoring() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_site_centers(core::ParticleType t0) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_site_display_radius(core::ParticleType) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_sites(core::ParticleType t0) const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_slab_particle() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_slab_thickness() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_static_geometry() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_statistics() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_statistics() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_statistics_fraction() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_temperature_k() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_tunnel_radius() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_tunnel_radius_k() const | IMP::npctransport::SimulationData | |
| get_type_name() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | virtual |
| get_version_info() const | IMP::npctransport::SimulationData | virtual |
| initialize_positions_from_rmf(RMF::FileConstHandle fh, int frame_number=-1) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| link_rmf_file_handle(RMF::FileHandle fh, bool is_restraints=true) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| NonCopyable() (defined in IMP::NonCopyable) | IMP::NonCopyable | protected |
| Object(std::string name) | IMP::Object | protected |
| remove_fgs_with_prefix(std::string s_fg_type) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| remove_particle_type(core::ParticleType pt) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| reset_rmf() | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_bounding_box_size(double box_size) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_bounding_sphere_radius(double sphere_radius) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_bounding_volume(double volume_A3) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_check_level(CheckLevel l) | IMP::Object | |
| set_log_level(LogLevel l) | IMP::Object | |
| set_name(std::string name) (defined in IMP::Object) | IMP::Object | |
| set_rmf_file(const std::string &new_name, bool is_save_restraints_to_rmf=true, bool is_force_restart=false) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_sites(core::ParticleType t0, int n, double r, double sr) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_sites(core::ParticleType t0, const algebra::Sphere3Ds &sites) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| set_was_used(bool tf) const | IMP::Object | |
| show(std::ostream &out=std::cout) const (defined in IMP::Object) | IMP::Object | |
| SimulationData(std::string prev_output_file, bool quick, std::string rmf_file_name=std::string(), std::string new_output_file="") | IMP::npctransport::SimulationData | |
| switch_suspend_rmf(bool suspend) (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| write_geometry(std::string out) | IMP::npctransport::SimulationData | |
| ~Object() (defined in IMP::Object) | IMP::Object | virtual |
| ~SimulationData() (defined in IMP::npctransport::SimulationData) | IMP::npctransport::SimulationData | protectedvirtual |
