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IMP Reference Guide  2.12.0
The Integrative Modeling Platform
IMP::npctransport::SimulationData Member List

This is the complete list of members for IMP::npctransport::SimulationData, including all inherited members.

activate_statistics()IMP::npctransport::SimulationData
add_interaction(const ::npctransport_proto::Assignment_InteractionAssignment &idata)IMP::npctransport::SimulationData
clear_caches()IMP::Objectvirtual
do_destroy()IMP::Objectprotectedvirtual
dump_geometry() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_angular_d_factor() const IMP::npctransport::SimulationData
get_are_floaters_on_one_slab_side()IMP::npctransport::SimulationData
get_backbone_tau_ns() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_bd(bool recreate=false)IMP::npctransport::SimulationData
get_beads()IMP::npctransport::SimulationData
get_beads_byref()IMP::npctransport::SimulationData
get_bounding_box() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_bounding_box_size() const IMP::npctransport::SimulationData
get_bounding_sphere() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_bounding_sphere_radius() const IMP::npctransport::SimulationData
get_bounding_volume() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_check_level() const (defined in IMP::Object)IMP::Object
get_cylinder() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_fg_bead_types() const IMP::npctransport::SimulationData
get_fg_chain_roots() const IMP::npctransport::SimulationData
get_fg_chain_types() const IMP::npctransport::SimulationData
get_fg_chains() const IMP::npctransport::SimulationData
get_floater_types() const IMP::npctransport::SimulationData
get_has_bounding_box() const IMP::npctransport::SimulationData
get_has_bounding_sphere() const IMP::npctransport::SimulationData
get_has_bounding_volume() const IMP::npctransport::SimulationData
get_has_slab() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_initial_simulation_time_ns() const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_backbone_harmonic() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_is_exclude_floaters_from_slab_initially()IMP::npctransport::SimulationData
get_is_fg_bead(ParticleIndex pi) const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_fg_bead(core::ParticleType pt) const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_fg_chain(ParticleIndex pi) const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_fg_chain(core::ParticleType pt) const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_pore_radius_dynamic() const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_slab_with_cylindrical_pore() const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_slab_with_toroidal_pore() const IMP::npctransport::SimulationData
get_is_xyz_hist_stats() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_log_level() const (defined in IMP::Object)IMP::Object
get_maximum_number_of_minutes() const IMP::npctransport::SimulationData
get_model() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_model() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_name() const (defined in IMP::Object)IMP::Object
get_non_optimizable_beads()IMP::npctransport::SimulationData
get_number_of_frames() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_number_of_trials() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_obstacle_particles() const IMP::npctransport::SimulationData
get_obstacle_types() const IMP::npctransport::SimulationData
get_optimizable_beads()IMP::npctransport::SimulationData
get_output_npctransport_version() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_output_statistics_interval_frames() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_pore_anchored_beads_k() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_pore_radius() const IMP::npctransport::SimulationData
get_pore_radius_k() const IMP::npctransport::SimulationData
get_range() const IMP::npctransport::SimulationData
get_rmf_dump_interval_frames() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_rmf_file_name() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_rmf_sos_writer()IMP::npctransport::SimulationData
get_root() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_root_of_type(core::ParticleType type) const IMP::npctransport::SimulationData
get_scoring()IMP::npctransport::SimulationData
get_scoring() const IMP::npctransport::SimulationData
get_site_centers(core::ParticleType t0) const IMP::npctransport::SimulationData
get_site_display_radius(core::ParticleType) const IMP::npctransport::SimulationData
get_sites(core::ParticleType t0) const IMP::npctransport::SimulationData
get_slab_particle() const IMP::npctransport::SimulationData
get_slab_thickness() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_static_geometry() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_statistics()IMP::npctransport::SimulationData
get_statistics() const IMP::npctransport::SimulationData
get_statistics_fraction() const IMP::npctransport::SimulationData
get_temperature_k() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
get_tunnel_radius() const IMP::npctransport::SimulationData
get_tunnel_radius_k() const IMP::npctransport::SimulationData
get_type_name() const (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationDatavirtual
get_version_info() const IMP::npctransport::SimulationDatavirtual
initialize_positions_from_rmf(RMF::FileConstHandle fh, int frame_number=-1)IMP::npctransport::SimulationData
link_rmf_file_handle(RMF::FileHandle fh, bool is_restraints=true)IMP::npctransport::SimulationData
NonCopyable() (defined in IMP::NonCopyable)IMP::NonCopyableprotected
Object(std::string name)IMP::Objectprotected
remove_fgs_with_prefix(std::string s_fg_type)IMP::npctransport::SimulationData
remove_particle_type(core::ParticleType pt)IMP::npctransport::SimulationData
reset_rmf()IMP::npctransport::SimulationData
set_bounding_box_size(double box_size)IMP::npctransport::SimulationData
set_bounding_sphere_radius(double sphere_radius)IMP::npctransport::SimulationData
set_bounding_volume(double volume_A3)IMP::npctransport::SimulationData
set_check_level(CheckLevel l)IMP::Object
set_log_level(LogLevel l)IMP::Object
set_name(std::string name) (defined in IMP::Object)IMP::Object
set_rmf_file(const std::string &new_name, bool is_save_restraints_to_rmf=true, bool is_force_restart=false)IMP::npctransport::SimulationData
set_sites(core::ParticleType t0, int n, double r, double sr)IMP::npctransport::SimulationData
set_sites(core::ParticleType t0, const algebra::Sphere3Ds &sites)IMP::npctransport::SimulationData
set_was_used(bool tf) const IMP::Object
show(std::ostream &out=std::cout) const (defined in IMP::Object)IMP::Object
SimulationData(std::string prev_output_file, bool quick, std::string rmf_file_name=std::string(), std::string new_output_file="")IMP::npctransport::SimulationData
switch_suspend_rmf(bool suspend) (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationData
write_geometry(std::string out)IMP::npctransport::SimulationData
~Object() (defined in IMP::Object)IMP::Objectvirtual
~SimulationData() (defined in IMP::npctransport::SimulationData)IMP::npctransport::SimulationDataprotectedvirtual