- a -

add_atom_type() : IMP::atom
add_bonds() : IMP::atom
add_bool_flag() : IMP
add_dope_score_data() : IMP::atom
add_float_flag() : IMP
add_geometries() : IMP::rmf
add_geometry() : IMP::rmf
add_hierarchies() : IMP::rmf
add_hierarchies_with_sites() : IMP::npctransport
add_hierarchy() : IMP::rmf
add_hierarchy_with_sites() : IMP::npctransport
add_imp_provenance() : IMP::core
add_int_flag() : IMP
add_loop_statistical_score_data() : IMP::atom
add_noise() : IMP::em2d
add_particle() : IMP::rmf
add_particles() : IMP::rmf
add_protein_ligand_score_data() : IMP::atom
add_provenance() : IMP::core , IMP::pmi::io , IMP::pmi1::io
add_radii() : IMP::atom
add_restraint() : IMP::rmf
add_restraint_to_model() : IMP::pmi::tools , IMP::pmi1::tools
add_restraints() : IMP::rmf
add_restraints_as_bonds() : IMP::rmf
add_rigid_body_cache_key() : IMP::core
add_script_provenance() : IMP::core
add_soft_sphere_radii() : IMP::modeller
add_software_provenance() : IMP::core
add_static_geometries() : IMP::rmf
add_string_flag() : IMP
add_surface_index() : IMP::multifit
add_test_sites() : IMP::npctransport
add_to_log() : IMP
add_to_progress_display() : IMP
align_centroids_using_pca() : IMP::EMageFit::imp_general::alignments
allow_deprecated() : IMP
anchor_assembly() : IMP::EMageFit::domino_model
apply_circular_mask() : IMP::em2d
apply_diffusion_filter() : IMP::em2d
apply_mask() : IMP::em2d
apply_mean_outside_mask() : IMP::em2d
apply_random_transform() : IMP::EMageFit::imp_general::movement
apply_rotation_around_centroid() : IMP::EMageFit::imp_general::representation
apply_threshold() : IMP::em2d
apply_transformation_around_centroid() : IMP::EMageFit::imp_general::representation
apply_transformation_to_hierarchy() : IMP::EMageFit::imp_general::movement
apply_variance_filter() : IMP::em2d
approximate_molecular_mass() : IMP::em
argmax() : IMP::EMageFit::argminmax
argmin() : IMP::EMageFit::argminmax
assign_blame() : IMP::core
assign_ranges() : IMP::npctransport